Program Studi Akuntansi Syariah berdiri pada tahun 2014 dengan SK Dirjen Pendis No. 7058 Tahun 2014. Penerimaan mahasiswa angkatan pertama dilakukan pada tahun 2015/2016. Program studi telah terakreditasi B pada 8 Mei 2018 berdasarkan SK BAN PT No. 1268/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2018.

Kurikulum yang diterapkan di program studi Akuntansi Syariah mengacu pada Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) - Standar Nasional Perguruan Tinggi (SNPT) serta Kurikulum Kampus Merdeka. Jenjang KKNI yang diterapkan telah sesuai dengan deskripsi capaian pembelajaran minimum standar kompetensi lulusan – SNPT yaitu pada level 6. Tingkat penguasaan pengetahuan pada level 6 yaitu menguasai konsep teoritis bidang pengetahuan dan ketrampilan tertentu secara umum dan konsep teoritis bagian khusus dalam bidang pengetahuan dan ketrampilan tersebut secara mendalam. Dalam hal ini konsep teoritis yang dikuasai yaitu akuntansi syariah.

Program Studi Akuntansi Syariah Fokus dalam menghasilkan lulusan yang menguasai konsep teoritis Akuntansi Syariah dan memiliki keterampilan dalam penyusunan laporan keuangan  di lembaga keuangan dan non keuangan syariah yang memiliki kemampuan menyajikan informasi akuntansi untuk pihak internal. Program Studi Akuntansi Syariah memiliki tujuan

1. Menghasilkan sarjana Akuntansi Syariah yang mempunyai kapasitas keilmuan dan keahlian serta beretika sehingga mampu bersaing secara global.
2. Menghasilkan sarjana Akuntansi Syariah yang beriman, berakhlaq mulia, kreatif, serta memiliki kecakapan manajerial dan entrepreneurship.
3. Menjadikan Program Studi Akuntansi Syariah UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta sebagai pusat kajian dan penelitian yang unggul di bidang Akuntansi Syariah.
4. Terbangunnya jaringan yang kokoh, fungsional dan sinergis dengan berbagai pihak dalam rangka pengembangan keilmuan dan kemasyarakatan.